El Órgano de Fiscalización del Congreso del Estado de Morelos, ha atravesado a partir de su creación en el año 2003, por diversos cambios estructurales. En 2003 nació a la vida jurídica como Auditoría Superior Gubernamental y por mandato de la reforma constitucional al artículo 116 fracción II, de la  Constitución Federal, fue sustituida por la Auditoría Superior de Fiscalización en julio de 2008.

Así pues, la Auditoría Superior de Fiscalización se constituyó a partir de la entrada en vigor del Decreto número ochocientos veintidós, publicado en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4627, de fecha 16 de julio de 2008, con el fin de armonizar la reforma constitucional federal en materia de fiscalización del gasto público, creando un nuevo órgano previsto en la Constitución General de la República y en las Constituciones de los Estados, fortaleciendo sus atribuciones y facultades, y renovando su organización interna. Fue presidida por el Auditor Superior de Fiscalización Gerardo Casamata Gómez, mismo que fue designado mediante el decreto 936 por un periodo de siete años, comprendido del 13 de octubre de 2008 al 12 de octubre de 2015, sin embargo tuvo que ser destituido del cargo, por habérsele encontrado inhabilitado para ejercerlo, al no cumplir con el apartado B, del artículo 84, con relación a la fracción VI del artículo 90, ambos de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Morelos. Por lo que con fecha 12 de junio de 2012 fue designado como Auditor Superior el Lic. Luis Manuel González Velázquez para concluir el periodo de siete años del C.P. Gerardo Casamata Gómez.

Sin embargo con fecha 11 de diciembre de 2014, el Pleno del Congreso aprobó el Decreto por el que se reforman diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Morelos, en relación a la creación de la Entidad Superior de Auditoría y Fiscalización del Congreso del Estado de Morelos, misma que una vez aprobada por el Constituyente Permanente, la Diputación Permanente del Congreso realizó el cómputo y declaratoria en sesión de fecha 21 de enero de 2015, entrando en vigor en esa misma fecha.

Dicha reforma constitucional extinguió la Auditoría Superior de Fiscalización del Congreso del Estado de Morelos y creó la Entidad Superior de Auditoría y Fiscalización, conforme a lo establecido en la fracción II, del artículo 116, de la Constitución Federal, dotándolo de una nueva estructura con autonomía técnica y de gestión, que permita la profesionalización, eficiencia y consolidación de la institución responsable del control, vigilancia, fiscalización y auditoría de los recursos públicos. Derivado de lo anterior con fecha 16 de enero de 2015, el Lic. Luis Manuel González Velázquez presentó su renuncia al cargo de  Auditor Superior de Fiscalización con fecha 16 de enero de 2015.

Por lo que con fecha 9 de febrero de 2015, la Junta Política y de Gobierno acordó en primer lugar instaurarse como Comisión Calificadora, quedando conformada por los Coordinadores de los Grupos Parlamentarios, y en segundo lugar emitir la convocatoria para la designación del Auditor General de la Entidad Superior de Auditoría y Fiscalización.